Dark Souls sử dụng cách kể chuyện tối giản để truyền tải cốt truyện và truyền thuyết của nó. Các sự kiện lịch sử trong thế giới của nó và tầm quan trọng của chúng thường được ngầm định sẵn hoặc để lại cho người chơi tự hiểu hơn là giải thích. Hầu hết câu chuyện được kể từ các nhân vật NPC, các lời giải thích (flavor text) từ các vật phẩm, thiết kế thế giới...

Đoạn phim mở đầu tạo tiền đề cho trò chơi. Loài rồng từng thống trị thế giới. Trong thời kỳ này, một người đàn ông tên Gwyn tình cờ gặp một vật thể được gọi là First Flame ("Ngọn lửa đầu tiên") và tìm thấy Lord "Linh hồn Chúa". Anh ta và các đồng minh của mình sử dụng sức mạnh của họ để đánh bại những con rồng, bắt đầu Age of Fire (Thời đại Lửa). Theo thời gian, ngọn lửa bắt đầu mờ dần cùng với sự trỗi dậy của con người và Gwyn đã hy sinh bản thân để kéo dài Age of Fire. Với ngọn lửa được thắp lại một cách giả tạo, lời nguyền của xác sống bắt đầu phủ lên loài người, khiến một số người sống lại sau khi chết liên tục.

Nhân vật người chơi là một xác sống bị nguyền rủa, bị nhốt trong một trại cho xác sống. Sau khi thoát khỏi nhà tị nạn, người chơi du hành tới Lordran để rung Chuông Thức tỉnh. Tiếng chuông đánh thức Kingseeker Frampt, sau đó bảo người chơi lên Anor Londo. Trong Anor Londo, Gwynevere hướng dẫn người chơi thành công kế vị Gwyn và hoàn thành lời tiên tri. Để thực hiện điều này, Linh hồn Chúa phải được lấy lại từ các đồng minh lúc trước của Gwyn và trở về ngọn lửa. Tùy chọn, người chơi có thể gặp Darkstalker Kaathe, người khuyến khích người chơi không liên kết lửa mà để nó lụi đi, để cho Age of Dark (Thời đại Bóng tối) trỗi dậy. Khi người chơi có được Lord Souls, họ phải du hành tới Kiln of the First Flame (Lò của Ngọn lửa đầu tiên) để chiến đấu với Gwyn. Khi Gwyn bị đánh bại, người chơi có quyền lựa chọn liên kết ngọn lửa để bảo tồn Age of Fire hoặc để nó tàn đi để cho Age of Dark.

Artorias of the Abyss

Tại một thời điểm nào đó trong quá khứ, một người được gọi là Manus tỉnh dậy và bắt đầu truyền bá Abyss. Hiệp sĩ Artorias đã được gửi để ngăn chặn sự lây lan của Abyss, nhưng ông đã thất bại và đã bị tha hoá. Trong khi đó, Manus tìm kiếm trong vô vọng chiếc mặt dây chuyền dài bị mất của mình trong không gian và thời gian. Khi người chơi lấy được mặt dây chuyền, Manus kéo chúng vào quá khứ. Ở đó, người chơi phải tiêu diệt Artorias bị tha hoá bởi Abyss và Manus, ngăn chặn sự lây lan của Abyss. Sau đó phải che giấu việc mình khống chế được Abyss để giữ gìn thanh danh cho Artorias.